Bien que ces risques restent exceptionnels, et le plus souvent sans conséquence à moyen terme, il est nécessaire que vous en soyez informés.

Liés à la stimulation : Lorsque l'élévation des oestrogènes est importante, les ovaires sont très augmentés de volume et deviennent douloureux. Dans les 8 jours suivants la ponction, l'abdomen peut être ballonné. Si ce ballonnement est très important il est dû à une ascite (liquide dans la cavité abdominale). Cette situation peut nécessiter une hospitalisation et des mesures de rééquilibration par perfusion.
Les risques à long terme de la stimulation ont été évoqués (cancer de l'ovaire) mais n'ont jusqu'à présent pas été démontrés.

Liés à l'anesthésie : Ce sont ceux de l'anesthésie générale.

Liés à la ponction : Ils sont exceptionnels, de type infectieux (abcès de l'ovaire, péritonite) ou hémorragiques (hémopéritoine).

Liés à la grossesse : Ils sont constitués par les grossesses multiples, et par les grossesses extra-utérines. Environ 2 % des grossesses se déroulent hors de l'utérus et doivent donc être interrompues.
Le risque de grossesse multiple augmente avec le nombre d'embryons replacés dans l'utérus comme le montre le tableau statistique national.

Liés à la réduction embryonnaire : Le risque majeur est constitué par l'expulsion des embryons restants.

Liés à la congélation de l'embryon : Perte de certains embryons qui ne survivent pas à ce processus soit environ 20 % de ceux qui ont été congelés, en moyenne.

Liés à l'injection du spermatozoïde dans l'ovule (ICSI) : Quand une anomalie génétique du père est susceptible d'expliquer sa stérilité, un conseil génétique est nécessaire. Une amniocentèse en cours de grossesse sera proposée si les examens chez le père ont révélé une anomalie génétique.